按照他的指示，有专人审理这群山贼土匪，手上沾有村民鲜血，背上性命的山贼直接斩杀了事，那些没有杀过人的土匪，就把他们聚在村子前面开阔的场地上，接受改变。
不过，在正式把审理后剩下的一千多山贼纳入军队之前，他首先是对军队进行整编和改造。
大乾目前的军种有四种，车兵、步兵、骑兵和水兵，四大军种的编制、从属人员等等大部分都不相同。也许现在的人看来没什么，但对于后世的人而言，感觉就非常的混乱。尤其是素凌轩能够修炼后，神智清明，已经忘得差不多的“前世”记忆大多都已经复苏，更让他对大乾的军制感觉无语，什么伍长、什长、屯长、百将、五百主、二五百主之类的军职听得有点摸不着头脑。
因此，他改革军队的第一步就是规范编制和军职，把大乾目前正在采用的步兵编制全都舍弃，采用了他最熟悉的后世三三制军制，不过人数有变动，即8人（设正副班长）、30人（设正副排长）、120人（设正副连长）、500人（设正副营长，有警卫编制50人）、2000人（设正副团长，警卫编制200人）、8000人（设正副旅长，警卫编制800人）。
按照这个兵制划分，廖海领导的这支队伍，即便再加上一千多人的山贼土匪，也只是一个不满编的团级军队。
原本旅级以上的军队机构在素凌轩的设想里也有，但无奈现在人数太少，一个团尚不满编，旅以上设了也是百设。而且，始皇帝对于军队掌握的极严，军队非战时最大的军职就是校尉，领一万人，素凌轩旅的编制就有8000人，再往上就超出了始皇帝的容纳极限，就算他不在意，朝堂里的那些大臣也不会善罢甘休。
除了改变军制军职以外，素凌轩也对军法进行了大幅度的变动。大乾治国治军都推崇法家，因而军队里的军法极为严苛，甚至可以说是无情，比如军法规定，射手发弩不中，御手不会驾车，骑士和马匹课试最劣者均要受严厉处罚，有关督训官吏和负责招选士兵的主管也要受到牵连。
素凌轩在改动军法时，充分参考了自己脑袋里的那些“杂学”，让军法变得更加合理，减缓严酷性、残酷性的同时，也增加了许多教条戒规，比如后世中国人都知道的“三大纪律”：一切行动听指挥；不拿群众一针一线；一切缴获要归公。还有“八项注意”，即说话和气、买卖公平、借东西要还、损坏东西要赔偿、不打人骂人、不损坏庄稼、不调戏妇女、不虐待俘虏。
这些改革和变动对于任何一个延续了七百多年传统的军队而言，都是一件难以接受的事情，尤其是后面那“三大纪律”和“八项注意”，更是超出了士兵对于职责的认知，若是有人在军队里真的实行这一套，只怕第二天就被砍死，尸体扔给野狗了。
不过，事情到了素凌轩这边就大不相同了。
首先，追随他走出京城的这三百多人，再加上后勤的几十人，严格意义上都属于他的私兵，身家性命全都掌握在他的手里。他对军队编制的变动，在军队里是“大逆不道”，可对于这些人来说，主公的意愿是绝对不许质疑的，就算不理解为什么要变动大乾实行了数百年的军制，为什么把军职称为排、连